中药超微粉碎机是将物料由加料斗进入到粉碎室，通过高速旋转的刀片进行粉碎，调节分级轮和分机盘的距离来达到所需的物料细度，高速旋转的风叶将达到要求的物料从粉碎室引到集料箱布袋中，而未达到要求的物料则继续在粉碎室中进行粉碎，集料箱布袋产生的粉尘被吸尘箱收集，一般来说存在以下几种问题。
1.安全方面
生产中要求选定的设备应稳定性好、对产品无污染，同时要注意粉体的自燃问题。
2.粉碎程度方面
中药主要为植物药、动物药、矿物药，其中植物药根据药用部位又分根、茎、叶、花、果实、种子、树皮等，且成分十分复杂，并不是所有的药物均适宜进行超细粉碎处理，也不是粉末越细越好。如含挥发油的药物，超细粉碎制备粉体时有可能损失挥发油成分，影响药效，因此需认真考察。
3.体内黏附方面
由于生物粉碎颗粒很小，是否会黏附在胃肠黏膜上，影响胃肠蠕动、黏膜吸收、胃肠激素分泌、细胞及细胞膜功能等问题仍有待考察。江西中医学院等考察了一些中药超微粉在临床上未发现上述黏附等不良现象，但这尚需进一步大规模的临床考察。
4.毒副反应方面
含毒性成分的药物，超细粉碎有可能使其毒性增加，影响用药安全性。生物粉碎制剂溶出度增加，使有效成分与其他成分的溶出同时增加，中药细胞破壁后细胞内活性成分是否会发生化学变化而在肾、肝、血液、心血管、神经系统等器官或系统引起新的不良反应或毒副作用，应仔细考察，同时须加强药理和临床研究。
五、中药超微粉碎前景
中药是中国的文化瑰宝。进入21世纪后，进入老龄化社会。人们防治疾病的观念，乃至医疗模式都发生了重要的改变。现在，人们知道疾病的防范要重在预防、保健，重在对亚健康状态的及时调整，而中医理论强调“”，主张人和环境的协调统一；强调“固本扶正”、“外因通过内因起作用”；强调“药食两用”；中药因其具有的种种特点，加上回归自然的大趋势，使得人们都寄希望于中药和天然药物。
